High-throughput virtual screening by molecular dynamics assisted molecular docking.

Il docking molecolare è un metodo Structure-Based ampiamente utilizzato per la scoperta di farmaci. Nel corso degli anni, le metodologie di docking molecolare si sono evolute per affrontare diverse limitazioni, tra cui elevati errori nella previsione della posa e dell'energia di legame e le approssimazioni nel trattamento delle molecole di solvente. Queste limitazioni sono state il punto di partenza del mio progetto di dottorato, che ha visto l'utilizzo della dinamica molecolare (MD) e delle reti neurali artificiali per superare queste limitazioni. Durante il primo anno, ho affrontato il problema della flessibilità e dell'elevato errore nel calcolo dell'energia di legame. Da un punto di vista termodinamico, le molecole d'acqua possono contribuire alla formazione di complessi recettoreligando. Durante il secondo anno, ho valutato il contributo entropico delle molecole d'acqua nel sito di legame, sviluppando un nuovo protocollo di docking. Durante il terzo anno, sfruttando gli studi iniziati in precedenza sull'entropia delle molecole d'acqua nel sito attivo, ho sviluppato uno strumento per la predizione del sito di legame. Inoltre, ho applicato diverse tecniche computazionali per studiare il meccanismo d'azione del sistema della sfingomielina sintasi. [a cura dell'Autore]